Mmm... puede que Zsnes esté trabajando en otra carpeta... quizás sea un problema de compatibilidad con Win7 o Vista... si es que usas uno de esos.. pero es sólo una suposición.
(En WinXP también pasa con programas antiguos... en ese caso se ven las Propiedades del programa y se elije la "Carpeta de trabajo"... pero no tengo idea si se trate de eso.. xD)